Potensi deteksi jamur patogen pada berbagai kultivar lokal singkong secara molekuler melalui daun

Abstract

Deteksi patogen secara molekuler merupakan alternatif metode diagnosis penyakit yang lebih cepat dan akurat jika dibandingkan dengan metode pengamatan morfologi. Meskipun demikian, metode deteksi molekuler bersifat spesifik sesuai dengan jenis tanaman dan jenis patogennya sehingga perlu dioptimasi. Penelitian ini bertujuan untuk menguji potensi metode deteksi jamur patogen pada kultivar lokal singkong secara molekuker melalui daun tanaman yang terinfeksi. Penelitian ini dilakukan dengan mengambil sampel daun singkong terinfeksi jamur patogen dari berbagai kultivar lokal singkong asal Gunungkidul. DNA genomik dari masing-masing kultivar diisolasi sebelum dilanjutkan ke analisis PCR (polymerase chain reaction) menggunakan kombinasi primer ITS 1 dan ITS 4. Karakteristik morfologi dan produk PCR menjadi parameter yang diamati. Hasil menunjukkan adanya 10 kultivar lokal singkong yang ditemukan terinfeksi penyakit akibat jamur. Dari pengamatan gejala penyakit di lapangan dan morfologi patogen di laboratorium, penyakit yang ditemukan menginfeksi kultivar lokal singkong asal Gunungkidul adalah bercak baur dan bercak coklat. Berdasarkan morfologi makroskopis dan mikroskopisnya, jamur patogen yang diperoleh memiliki kemiripan morfologi dengan genus Cercospora. Hasil deteksi patogen menggunakan primer ITS1-ITS4 belum berhasil memunculkan pita DNA pada ukuran yang diharapkan (550 pasang basa). Hasil ini menunjukkan bahwa metode deteksi molekuler melalui daun yang terinfeksi dinilai kurang efektif untuk deteksi jamur patogen pada tanaman singkong.